Az eredeti ártéri növényzet füzes bokrosai, puhafás és keményfás ligeterdei az emberi behatás eredményeként mára megritkultak, helyüket szabályos időközönként vagy alkalomszerűen víz járta extenzív nedves rétek foglalták el. 

Részletek a címre kattintva!

A mélyebb részeken tőzeges foltokon mocsárrétek találhatók. Magán a szigeten 25 védett növényfaj tenyészik, közöttük két szigorúan védett faj a gyapjas gyűszűvirág és a homokpusztagyepeken előforduló csikófark.

A Szentendrei-sziget a költöző madarak vonulási útvonalának fontos közép-európai állomása a Duna mentén. A területen 205 madárfaj fordul elő, amelyből 104 rendszeresen költ. A sziget legnagyobb vizes élőhelye a Merzsán tó volt, mely mesterségesen kapta a vízutánpótlás. A tavat a területet üzemeltető Fővárosi Vízművek Zrt. 2008-ban megszüntettek.

Az árterek, vizes élőhelyek szórványos, de rendszeres vendége a kiskócsag, gyakori a nagykócsag. A homokos partoldalakban mintegy 100 pár gyurgyalag költ. A terület nagy része mezőgazdaságilag hasznosított táj, ezért az ökológiai sokszínűség, a különféle élőhelyek megőrzése, fejlesztése a gazdálkodás minőségén múlik.